Apple kjøtt har kjemiske forbindelser som kalles fenoler som reagerer med oksygen når de utsettes for luft. Når huden av eple er brutt, blir forbindelsene eksponeres for oksygen og enzymer i eplet kjent som polyfenol oksidase forårsake at browning-reaksjonen. En måte å holde skiver epler fra Browning er å lagre dem i surt vann - legge en del sitron saft til fem deler vann for å hindre epler fra bruning. Kulde forsinker også bruning prosessen.
Når et eple er kuttet åpen, oksidasjon skjer raskt.
Apple Rot

Sopp kan ta tak i epler, særlig gjennom en punktering eller andre sår som bryter huden av eplet. De vanligste årsakene til apple råte er fra sopp Penicillium expansum og Monilinia fructigena. Disse soppene lever av og drepe de cellene som utgjør eple. Soppene produserer pektin enzymer som bryter ned eple pektin å eksponere næringsstoffer til cellene for sopp. Ulike sopp og mugg produsere ulike mønstre av råteskader.
Rot fra sopp vanligvis tar tak i en pause i huden.
Fuktighet, lys og varme

Miljøfaktorer kan påvirke hvor raskt et eple vil råtne. Lagring av epler på et kjølig sted vil redusere angrep av råte, men vil ikke redusere skadeomfanget over lange tidsperioder. Moderat fuktighet akselererer ikke råte. Mens epler krever lys for å modnes, gjør sopp og mugg som forårsaker råtnende ikke krever lys. Lys som ikke er akkompagnert med varme bør ikke akselerere eple råtner.