Den største ulempe ved maltitol er den afførende effekt det kan have på organ. Modsætning naturligt sukker, er maltitol kun delvis absorberet i blodbanen, hvilket medfører nogle af stoffet, der skal håndteres i tyndtarmen. Når absorberet, er maltitol fermenteret af bakterier, som kan, i store doser, der forårsager ubehag, abdominal gas og diarré. En portionsstørrelse af maltitol er typisk 10 g eller derunder. Disse symptomer typisk kun forekomme, hvis forbrugeren tager i flere betjener størrelser af maltitol-holdige produkt hver dag, ifølge en 2003 undersøgelse fra European Journal of Clinical Nutrition. Undersøgelsen viste, at de flere portioner af maltitol forbruges om dagen, jo højere sandsynlighed for fordøjelsesproblemer, men hvert emne reagerede på maltitol forskelligt.
Blood Sugar Rise

En af de store krav fra maltitol er, at det ikke giver anledning til blodsukkeret og dermed kan nydes af diabetikere og Dieters der ønsker at holde blodsukkeret ned. Ifølge Søde Savvy og Food Insight, nogle maltitol brugere stadig opleve en stigning i blodsukkeret svarende til stigningen de modtog, mens man spiser almindelig sukker. Det kan være, fordi nogle mennesker ikke har de rette enzymer til at fordøje maltitol ejendom. Der er forskellige over-the-counter produkter, der hjælper folk uden disse enzymer til at fordøje maltitol og andre sukkeralkoholer. Hvis du er bekymret for dit blodsukker, teste niveauet af dit blodsukker efter at have prøvet maltitol. Hvis det stiger på samme måde som sukker, kan maltitol ikke være sukker-erstatning for dig.
Vand Retention

Dr. Eric Berg, forfatter til bogen "De 7 Principper for fedtforbrænding," anbefaler ikke sukkeralkoholer til vægttab. Under sit ernæringsmæssige arbejde med patienter på The Health & Wellness Center i Alexandria, Virginia, har han set patienter bevarer vand på grund af indtagelse sukkeralkoholer. Da den menneskelige krop er mindre dygtige til at fordøje sukkeralkoholer end almindelige alkoholer, kan det fastholde mere vand som den forsøger at fordøje de sukkeralkoholer. Denne væskeophobning kan være en stor ulempe for Dieters der forsøger at tabe sig hurtigt ved at kaste overskydende vand retention.
Reduceret huller i tænderne

En af de store fordele ved maltitol er, at i modsætning til naturligt sukker, fremmer det ikke huller i tænderne, ifølge OptDgest hjemmeside. Naturligt sukker reagerer med bakterier i munden at forårsage tænder problemer, men denne reaktion ikke forekommer i sukkeralkoholer. Som et resultat, kan mindre naturligt sukker og mere sukker alkohol føre til en reduktion i huller i tænderne.
Calorie Reduktion

Sukkeralkoholer har færre kalorier end standard sukker, og som følge heraf deres forbrug fører til en reduktion i de samlede kalorier. Når en del af en afbalanceret kost og motion planen, kan en reduktion af kalorier medføre vægttab og en forbedring af sundheden, ifølge Dr. Eric Berg. Maltitol har tre kalorier per gram, mens standard sukker har fire kalorier per gram.