ensisijainen tehtävä bakteerien juustonvalmistuksessa on hapottamiseksi maidon syömällä maitosokeria (laktoosia). Bakteerit lisätään juustoa käynnistin, joita on kahta tyyppiä. Mesofiilisen käynnistimet voidaan suoraan lisätä maitoon ja sisältävät yleensä useita alalajeja Lactococcus lactis tai Leuconostoc mesenteroides. Lämpöäkestävien Alkajaisiksi on viljelty ennen kuin ne voidaan lisätä maitoon ja sisältävät Streptococcus thermophilus ja Lactobacillus delbrueckii.
Parmesaania alkaa maitoa ja bakteerien käynnistin.
Sienet

sieni (tai hometta) itiöitä käytetään tekemään juustojen bloomy kuoriin tai laskimot. Penicillium camemberti on ensisijainen sieni käytetty kuoriin, juustoissa kuten Camembert ja brie. Penicillium roqueforti käytetään sinisiä tai suonikas juustoja kuten roquefort, Stilton, gammelost, ja gorgonzola.
Suonet sinisen juustot tulevat sienistä.
Muut pieneliöt

Tietyt bakteerit tarvitaan spesifisten juustojen lisäksi käynnistin bakteerit ja sienet. Esimerkiksi Sveitsin juustoja vaativat propionihappoa bakteerien saavuttaa ominaisuus pyöreät reiät.
Reiät tahkojuusto ovat bakteerien aiheuttamia.