Whisky flessen moeten worden opgeslagen in een donkere plaats, niet in direct zonlicht of andere bronnen van ultraviolet licht. Zonlicht kan het etiket van de fles bleekmiddel, waarbij de waarde van flessen die bestemd zijn voor wederverkoop kan schaden. Het kan ook de kleur van de whisky zelf veranderen. Whisky distilleerder Macallan suggereert dat whisky's die kunstmatig zijn gekleurd met karamel, in plaats van uitsluitend gekleurd door het vat, de neiging om vooral snel te verlichten in het zonlicht.
Temperatuur

Whisky moet worden bewaard bij kamertemperatuur. Unlike wijn, whisky ofwel geen leeftijd in de fles, wat betekent dat een relatief breed temperatuurbereik kunnen overleven. Een relatief koele omgeving wordt aanbevolen om verdamping te minimaliseren. Bij zeer koude temperaturen, kunnen sommige troebelheid verschijnen, maar de whisky zal normaal duidelijk worden als het opwarmt tot kamertemperatuur eens te meer.
Positie

Whisky flessen kunnen veilig stijgend met de kurk worden opgeslagen. Bij opslag van wijn, de traditionele werkwijze flessen slaan in een horizontale positie. Dit houdt de kurk nat, te voorkomen dat het uitdroogt. Met whisky, kan langdurig contact met het hoger alcoholgehalte in het whisky eigenlijk slecht voor de kurk. Om de levensduur van de kurk uit te breiden, adviseert distilleerder Glenlivet upending een opgeslagen fles om de paar weken om de kurk enigszins te bevochtigen.
Andere factoren

In de meeste gevallen, gewoon houden flessen rechtop in een koele, donkere plaats zal ze behouden. Echter kunnen soms problemen de kurk die leiden tot verdamping. Periodiek controleren van de hoeveelheid whiskey in een fles zal onthullen als het niveau afneemt; als het is, kan er een probleem met de afdichting, wat betekent dat de fles dronken of gedecanteerd moet worden. Ook Glenlivet adviseert decanteren een fles in een kleinere container eenmaal is ongeveer de helft leeg om oxidatie te verminderen.