Semena se nachází v centru jalapeno pepře a jsou obklopeny membránou , Tato membrána je místo, kde většina z kapsaicinu je v jalapeno, takže to je nejteplejší část pepře. Semena a membrána mohou být použity při vaření, ale často jsou odstraněny. To se provádí pomocí řezání Jalapeño v polovině a krájet dolů délku pepře, pod dřeně, s ostrým nožem.
Flesh

Dužnina je zelená část, která tvoří většinu jalapeno. Zralé jalapeno má lesklý a pevnou dužninu na vnější straně a měly by mít žádný otlaky nebo měkké skvrny. Obsahuje kapsaicin v nižších koncentracích než v semenech a membránou, takže není tak horké, jak tyto části. Je to hlavní část jalapeno používán ve vaření a ještě dodává dostatek tepla do misky.
Dřeň

dřeň je bílá část jalapeno pepře a je nalezen uvnitř těla. Semena a jejich membrána jsou připojeny k dřeně, ale dřeň sám obsahuje málo tepla. To může být vyhloubený pro vaření podle opatrně pod ní krájení ostrým nožem. To také odstraněna semena a membrány, ale tyto mohou být stranou a přidá se do misky v případě potřeby odděleně.
Kmenové

stonku jalapeno je pevný část, která se váže Jalapeño ke zbytku zařízení, jak roste. To je zelená, stejně jako zbytek pepře, ale má jinou texturu masa. Jalapeno stonky nejsou obvykle používány ve vaření. Mohou být odstraněny krájením horizontálně v horní části pepře s nožem.