La fonction principale de bactéries dans la fabrication du fromage est d'acidifier le lait en mangeant du sucre du lait (lactose). Les bactéries sont ajoutées en tant que démarreur fromage, dont il existe deux types. Starters mésophiles peuvent être directement ajoutés au lait et contiennent habituellement plusieurs sous-espèces de Lactococcus lactis ou de Leuconostoc mesenteroides. Fromage parmesan de commencer thermophiles doivent être cultivées avant qu'ils peuvent être ajoutés au lait et contiennent Streptococcus thermophilus ou Lactobacillus delbrueckii. Commence avec du lait et un démarreur bactérienne.
Champignons

champignons (moisissures) ou les spores sont utilisés pour faire des fromages avec croûte fleurie ou avec des veines. Penicillium camemberti est le champignon primaire utilisé pour couennes, dans les fromages tels que le camembert et le brie. Penicillium roqueforti est utilisé pour les fromages bleus ou veiné tels que le roquefort, le stilton, gammelost et gorgonzola.
Les veines dans les fromages bleus viennent de champignons.
Autres microorganismes

Certains types de bactéries sont nécessaires pour la production de fromages spécifiques, en plus des bactéries et des champignons de démarrage. Par exemple, les fromages suisses exigent des bactéries d'acide propionique pour atteindre leurs trous ronds caractéristiques.
Les trous dans le fromage suisse sont causées par des bactéries.