Primárnou funkciou baktérií v syra je okyslenie mlieka tým, že jej na mliečny cukor (laktózu). Baktérie sú pridané ako syr štartér, z ktorých existujú dva typy. Mezofilné spúšťače môžu byť priamo pridané do mlieka a zvyčajne obsahujú niekoľko poddruhov Lactococcus lactis alebo Leuconostoc mesenteroides. Termofilné spúšťače musí byť kultivované pred tým, než môžu byť pridané do mlieka a obsahuje Streptococcus thermophilus alebo Lactobacillus delbrueckii.
Parmezán začína s mliekom a bakteriálne štartérom.
Huby

pleseň (alebo formy) spóry sa používajú na výrobu syrov s Bloomy kôry alebo s žilami. Penicillium Camembert je primárny huba používa pre kôry, v syroch, ako sú camembert a brie. Penicillium roqueforti sa používa pre modrou plesňou či syrov, ako je Roquefort, Stilton, gammelost a gorgonzola.
Žily v modrých syrov pochádza z húb.
Iných mikroorganizmov

Určité sú požadované typov baktérií na výrobu špecifických syrov, okrem štartovacie baktérie a huby. Napríklad švajčiarske syry vyžadujú propiónovej baktérie na dosiahnutie ich charakteristické okrúhle otvory.
Otvory vo švajčiarskom syre sú spôsobené baktériami.