Semena se nahajajo v centru jalapeno papriko in so obdani z membrano . Ta membrana, kjer je večina kapsaicina v jalapeno, tako da je vroč del paprike. Semena in membrana se lahko uporabljajo pri kuhanju, vendar se pogosto odstranijo. To se naredi z rezanjem jalapeno na pol in ker je pokosil dolžino poper, pod stržena, z ostrim nožem.
Flesh

Meso je zeleni del, ki predstavlja večino jalapeno. Zrel jalapeno je sijajna in čvrsto meso na zunanji strani in ne bi smeli imeti podplutbe ali mehke lise. Vsebuje kapsaicin v nižjih koncentracijah kot v semenih in membrane, tako da ni tako vroče kot te dele. To je glavni del jalapeno, ki se uporablja pri kuhanju in še dodaja veliko toplote na jed.
Stržen

stržen je beli del jalapeno paprike in se nahaja v notranjosti telesa. Semena in membrane so vezana na stržena, vendar stržen sam vsebuje malo toplote. To je možno vzeti ven za kuhanje previdno pod njim rezanjem z ostrim nožem. To odstrani tudi semena in membrano, ki pa se lahko hranijo na stran in dodal, da jed ločeno, če je to potrebno.
Stem

steblo iz jalapeno je težko del, ki pripisuje jalapeno do preostalega obrata, saj raste. To je zelena, kot ostali poper, vendar ima drugačno teksturo mesa. Jalapeno stebla se običajno ne uporabljajo pri kuhanju. Lahko jih odstranimo z rezanjem horizontalno po vrhu paprike z nožem.