Enhver hot pepper kan bruges til at erstatte varmen i chipotle, såsom friske jalapenos, Serranos eller Poblanos. Tørrede cayenne peber eller hot sauce ville også arbejde. Mængden af ​​varme bibringes af peber kan ændres så de passer til individuelle smag: For en mildere smag, fjerne den indre membran og frø og hak ydersiden af ​​peber, og for en stærkere varme forlade frø og membranen intakt
. Enhver form for chili kan bruges til at erstatte chipotle peber.
Røget Peppers

chipotles er røget, og selvom erstatte dem med en anden hot pepper vil give den rigtige varme til en skål vil den særskilte smokey smag mangle. En god erstatning er en anden type af røget chili, såsom pasilla de Oaxaca. En række røgede peberfrugter er tilgængelige dåse, jarred eller tørret i mange supermarkeder.
Chipotles i Adobo

chipotles sælges ofte på dåse i adobo, hvilket er en urt og tomat baseret sauce. En god erstatning for denne type chipotle er enhver af de ovennævnte peberfrugter blandet med en steak sauce. Dette vil kopiere smag og konsistens af chipotles i adobo ret godt i en knivspids.