La funzione principale dei batteri nel formaggio-making è di acidificare il latte mangiando lo zucchero del latte (lattosio). I batteri vengono aggiunti come antipasto di formaggio, di cui ci sono due tipi. Starter mesofili possono essere direttamente aggiunti al latte e di solito contengono numerose sottospecie di Lactococcus lactis e Leuconostoc mesenteroides. Antipasti termofili devono essere colti prima che possano essere aggiunti al latte e contengono Streptococcus thermophilus e Lactobacillus delbrueckii.
Parmigiano comincia con il latte e un antipasto batterica.
Fungi

Fungus (o muffe) spore vengono usati per fare formaggi con scorze fioriti o con venature. Penicillium camemberti è il fungo principale utilizzato per scorze, in formaggi come il camembert e brie. Penicillium roqueforti viene utilizzato per formaggi erborinati o venati come il roquefort, stilton, gammelost e gorgonzola.
Le vene formaggi erborinati provengono da funghi.
Altri microrganismi

Certain sono necessari tipi di batteri per la produzione di formaggi specifici, oltre ai batteri di avviamento e funghi. Ad esempio, formaggi svizzeri necessitano di batteri dell'acido propionico per raggiungere i loro caratteristici buchi rotondi.
I buchi nel formaggio svizzero sono causate da batteri.