Den primære funksjon av bakterier i ysting er å forsurer melken ved å spise melkesukker (laktose). Bakteriene blir tilsatt som ost starter, av hvilke det finnes to typer. Mesofile startere kan bli direkte tilsatt til melken og inneholder vanligvis flere underarter av Lactococcus lactis eller Leuconostoc mesenteroides. Termofile startere må dyrkes før de kan legges til melk og inneholder Streptococcus thermophilus eller Lactobacillus delbrueckii.
Parmesanost begynner med melk og en bakteriell starter.
Fungi

sopp (eller mugg) sporer brukes til å lage oster med Bloomy rinds eller med årer. Penicillium camemberti er den primære sopp brukes for rinds, i oster som camembert og brie. Penicillium roqueforti brukes for blå eller veined oster som roquefort, stilton, gammelost, og gorgonzola.
Venene i blå oster kommer fra sopp.
Andre mikroorganismer

Certain typer bakterier er nødvendige for produksjonen av spesifikke oster, i tillegg til startmotoren bakterier og sopp. For eksempel sveitsiske oster krever propionsyrebakterier å oppnå sine karakteristiske runde hull.
Hullene i sveitserost er forårsaket av bakterier.