Den primære funktion af bakterier i ostefremstilling er at syrne mælken ved at spise den mælkesukker (laktose). Bakterierne tilsættes som ost starter, hvoraf der er to typer. Mesofile startere kan tilsættes direkte til mælk og indeholder sædvanligvis flere underarter af Lactococcus lactis eller Leuconostoc mesenteroides. Termofile startere skal dyrkes før de kan føjes til mælk og indeholder Streptococcus thermophilus eller Lactobacillus delbrueckii.
Parmesanost begynder med mælk og en bakteriel forret.
Svampe

svamp (eller mug) sporer bruges til at lave oste med bloomy rinds eller med årer. Penicillium camemberti er den primære svamp anvendes til rinds, i oste som camembert og brie. Penicillium roqueforti bruges til blå eller skimmeldannelse oste som roquefort, Stilton, gammelost og gorgonzola.
Den vener i blåskimmeloste kommer fra svampe.
Andre mikroorganismer

Visse typer af bakterier er nødvendige til produktion af specifikke oste, ud over starteren bakterier og svampe. For eksempel schweiziske oste kræver propionsyrebakterier at nå deres karakteristiske runde huller.
Hullerne i schweizisk ost er forårsaget af bakterier.