De primaire functie van bacteriën in de kaasbereiding is om de melk verzuren door het eten van de melksuiker (lactose). De bacteriën worden toegevoegd kaas starter, waarvan er twee types. Mesofiele starters kunnen direct worden toegevoegd aan de melk en meestal verscheidene ondersoorten van Lactococcus lactis of Leuconostoc mesenteroides bevatten. Thermofiele starters moeten worden gekweekt voordat ze kunnen worden toegevoegd aan de melk en bevatten Streptococcus thermophilus of Lactobacillus delbrueckii.
Parmezaanse kaas begint met melk en een bacteriële starter.
Schimmels

Schimmel (of schimmel) sporen worden gebruikt voor kazen met bloomy korst of met aderen te maken. Penicillium camemberti is de primaire schimmel gebruikt voor het schillen, in kazen zoals camembert en brie. Penicillium roqueforti wordt gebruikt voor blauw of groen geaderde kazen zoals roquefort, stilton, gammelost en gorgonzola.
De aderen in blauwe kazen komen uit schimmels.
Andere micro-organismen

Bepaalde soorten bacteriën nodig zijn voor de productie van specifieke kazen, naast de starter bacteriën en fungi. Bijvoorbeeld, Zwitserse kaas vereist propionzuurbacteriën hun kenmerkende ronde gaten realiseren.
De gaten in gatenkaas worden veroorzaakt door bacteriën.