A função primária de bactérias no processo de tomada de queijo é para acidificar o leite comendo o açúcar do leite (lactose). As bactérias de arranque são adicionados como queijo, dos quais existem dois tipos. Mesófilos entradas pode ser directamente adicionado ao leite e geralmente contêm várias subespécies de Lactococcus lactis ou Leuconostoc mesenteroides. Entradas termófilas devem ser cultivadas antes de serem adicionados ao leite e conter Streptococcus thermophilus ou Lactobacillus delbrueckii.
Queijo parmesão começa com leite e um fermento de bactérias.
Fungi

fungo (mofo) ou esporos são usados ​​para fazer queijos com cascas bloomy ou com veias. Penicillium camemberti é o fungo primário usado para crostas, em queijos como o camembert e brie. Penicillium roqueforti é utilizado para queijos azuis ou veado como roquefort, do stilton, gammelost, e gorgonzola.
As veias em queijos azuis provenientes de fungos.
Outros microorganismos

Certain tipos de bactérias são necessários para a produção de queijos específicos, em adição às bactérias de arranque e fungos. Por exemplo, queijos suíços exigem bactérias do ácido propiônico para conseguir seus furos redondos característicos.
Os buracos no queijo suíço são causadas por bactérias.