La función principal de las bacterias en el queso de decisiones es para acidificar la leche al comer el azúcar de la leche (lactosa). Las bacterias se añaden como plato de queso, de los cuales hay dos tipos. Entrantes mesófilas se pueden añadir directamente a la leche y por lo general contienen varias subespecies de Lactococcus lactis o Leuconostoc mesenteroides. Arrancadores termófilas deben cultivarse antes de que puedan ser añadidos a la leche y contienen Streptococcus thermophilus o Lactobacillus delbrueckii.
Queso parmesano comienza con leche y un iniciador de bacterias.
Hongos

hongo (o moho) esporas se utilizan para hacer quesos con cortezas floridos o con venas. Camemberti Penicillium es el hongo principal que se utiliza para las cortezas, en quesos como el camembert y brie. Penicillium roqueforti se utiliza para quesos azules o veteadas como roquefort, stilton, gammelost y gorgonzola. México La venas de quesos azules provienen de hongos.
Otros microorganismos

Certain se requieren tipos de bacterias para la producción de quesos específicas, además de las bacterias iniciadoras y hongos. Por ejemplo, los quesos suizos requieren bacterias del ácido propiónico para conseguir sus agujeros redondos característicos.
Los agujeros en el queso suizo son causadas por bacterias.