Ogni peperoncino può essere usato per sostituire il calore del chipotle, quali jalapenos freschi, serranos o poblanos. Pepe di Caienna secchi o salsa piccante sarebbe anche lavorare. La quantità di calore impartito dai peperoni può essere modificato per soddisfare i gusti individuali: Per un sapore più delicato, rimuovere la membrana interna e dei semi e tritare l'esterno del pepe e un calore forte lasciare i semi e membrane intatte
. Qualsiasi tipo di peperoncino può essere usato per sostituire i peperoni chipotle.
Peppers affumicati

Chipotles sono affumicati, e anche se la loro sostituzione con un altro peperoncino darà il calore corretto ad un piatto , il sapore fumoso distinto mancherà. Un buon sostituto è un altro tipo di peperoncino affumicato, come pasilla de Oaxaca. Una varietà di peperoni affumicati sono disponibili in scatola, omogeneizzati o secchi in molti supermercati.
Chipotles in Adobo

Chipotles sono spesso venduti in scatola in adobo, che è un'erba e salsa a base di pomodoro. Un buon sostituto per questo tipo di chipotle è qualsiasi dei suddetti peperoni mescolati con una salsa bistecca. Questo replicherà il sapore e la consistenza di chipotles in addobbo abbastanza bene in un pizzico.