Primární funkcí bakterií v sýra je okyselení mléka tím, že jí na mléčný cukr (laktózu). Bakterie jsou přidány jako sýr startér, z nichž existují dva typy. Mezofilní spouštěče mohou být přímo přidány do mléka a obvykle obsahují několik poddruhů Lactococcus lactis nebo Leuconostoc mesenteroides. Termofilní spouštěče musí být kultivovány před tím, než mohou být přidány do mléka a obsahuje Streptococcus thermophilus nebo Lactobacillus delbrueckii.
Parmazán začíná s mlékem a bakteriální startérem.
Houby

Plíseň (nebo formy) spóry se používají k výrobě sýrů s Bloomy kůry nebo s žílami. Penicillium camemberti je primární houba používá pro kůry, v sýrech, jako jsou camembert a brie. Penicillium roqueforti se používá pro modrou plísní či sýrů, jako je Roquefort, Stilton, gammelost a gorgonzolou.
Žíly v modrých sýrů pochází z hub.
Jiných mikroorganismů

Určité jsou požadovány typů bakterií pro výrobu specifických sýrů, kromě startovací bakterie a houby. Například švýcarské sýry vyžadují propionové bakterie k dosažení jejich charakteristické kulaté otvory.
Otvory ve švýcarském sýru jsou způsobeny bakteriemi.