Die primäre Funktion von Bakterien in der Käseherstellung ist die Milch durch den Verzehr der Milchzucker (Lactose) angesäuert. Die Bakterien werden als Käsestarter, von denen es zwei Arten zugegeben. Mesophilen Starter können direkt zu der Milch zugegeben werden, und enthalten in der Regel mehrere Subspezies Lactococcus lactis oder Leuconostoc mesenteroides. Thermophilen Startern muss kultiviert werden, bevor sie zu der Milch zugegeben werden und enthalten Streptococcus thermophilus oder Lactobacillus delbrueckii.
Parmesan beginnt mit Milch und einer bakteriellen Starter.
Fungi

Pilz (oder Form) Sporen werden verwendet, um Käse mit Schimmel Schwarten oder mit Adern machen. Penicillium camemberti ist die primäre Pilz für Schwarten verwendet, in Käse wie Camembert und Brie. Penicillium roqueforti ist für blaue oder Schimmelkäse wie Roquefort, Stilton, gammelost und Gorgonzola verwendet. Szmtag Die Venen in Blauschimmelkäse kommen aus Pilzen.
Andere Mikroorganismen

Einige für die Herstellung von spezifischen Käse Bakterientypen erforderlich, zusätzlich zu den Starterbakterien und Pilze. Zum Beispiel, Schweizer Käse erfordern Propionsäurebakterien ihrer charakteristischen runden Öffnungen zu erreichen. Szmtag Die Löcher im Schweizer Käse werden von Bakterien verursacht werden.